La Dra. Gabriela Jaramillo – Responsable de Biología Molecular de nuestra institución y el Dr. Alejandro Cabrera – Especialista en Biología Molecular y Bioinformática de la Universidad de las Américas (UDLA), realizaron una investigación en conjunto sobre
“Genes Priorizados Mediante Algoritmos Bioinformáticos para Osteosarcoma”.
Dra. Gabriela Jaramillo HEEE y Dr. Alejandro Cabrera Investigador UDLA
El osteosarcoma (OS) es el subtipo más común de cáncer óseo primario, que afecta principalmente adolescentes. En los últimos años, varios estudios se han centrado en dilucidar los mecanismos moleculares de este tumor maligno; sin embargo, su etiología molecular aún no se ha determinado con precisión.
Este tumor se caracteriza por ser heterogéneo y mostrar altas tasas de variaciones estructurales somáticas. Su heterogeneidad está estrechamente relacionada con altas tasas de mutaciones, que son comparables incluso a tumores de mama y leucemias. Además presenta gran cantidad de anormalidades citogenéticas, incluyendo pérdidas de segmentos cromosómicos, reordenamiento y amplificación, esto limita la capacidad de describir un gen o grupo de genes relacionados con su origen.
En la Figura 1, resumimos el flujo de trabajo general para priorizar genes asociados con la patogenia de la SG.
Los especialistas que participaron en este estudio aplicaron una estrategia de consenso en donde a partir del uso de algoritmos y varias herramientas bioinformáticas (Big Data) se generó una lista inicial de 15.809 genes, se priorizaron posteriormente 553 y finalmente propusieron 47 genes como los principales involucrados en esta patología. Para priorizar esta lista final, evaluaron las interacciones físicas en la selección de los genes y aplicaron un análisis de comunalidad a esta red de interacción proteína - proteína.
La bioinformática en este proceso juega un papel crucial, como campo de apoyo en la investigación con un modelo a partir de una hipótesis de trabajo, para comprender la estructura íntima del sistema o realizar una predicción. Lo interesante del análisis en mención es que agrupa a varios miembros moleculares involucrados en eventos de metástasis, y genes asociados con complejos de reparación. Se identificaron genes patógenos previamente propuestos para el OS y priorizaron genes que deben ser explorados más a fondo (metodología teórica y analítica experimental). Cada gen propuesto debe ahora probarse experimentalmente en tejidos reales de pacientes con OS con el fin de determinar su real aporte en la enfermedad ya que esta no depende solo de la genética sino de varios otros aspectos como la edad, el género, la etnia, hábitos, etc.
Los profesionales que colaboraron en el estudio, sugieren que se debe generar recursos económicos propios para el levantamiento de procesos de investigación que beneficien a pacientes con patologías complejas y que los procesos o autorizaciones a cargo de Comités de Bioética y entidades regulatorias deberían ser más oportunos. Nuestro reconocimiento a quienes participaron en este estudio, que propende encontrar biomarcadores de interés y posibles blancos terapéuticos de forma más efectiva.
